از آنجا که در بخش "پوشه مجازی" ( (virtual directory سرویس های میزبانی اشتراکی 2008 امکان استفاده از یک Application Pool جداگانه نسبت به پوشه ریشه وجود دارد لذا امکان استفاده از نرم افزارهای مختلف با ورژن های متفاوت دات نت ، برای کاربران فراهم می باشد. (برای مثال نرم افزار طراحی شده با دات نت نسخه 2 در روت فلدر و نرم افزار دیگر با دات نت نسخه 4 در پوشه مجازی)
برای انجام اینکار کافیست اطلاعات مربوط به نرم افزار اول خود را در پوشه ریشه (wwwroot ) آپلود و ورژن دات نت هاست را برروی ورژن مورد نظر ست نمایید و نرم افزار دوم را در یک پوشه (در فلدر wwwroot ) آپلود و نسبت به مجازی نمودن پوشه مربوطه و ست نمودن نسخه دات نت مورد نظر (برای این پوشه) اقدام نمایید.
توجه نمایید که برای انجام صحیح اینکار باید تگ های فایل web.config موجود در پوشه ریشه که مورد نیاز در پوشه مجازی نبوده و یا باعث بروز اختلال در آن می شود را با متد remove name از فایل web.config موجود در پوشه مجازی بی تاثیر نمایید.